Исследователи из Университета штата Северная Каролина и коллабораторы изучили человеческую ДНК из домашней пыли, анализируя SNP с помощью высокопроизводительного секвенирования.
В результате 93% обитателей домов были идентифицированы при анализе по крайней мере одного образца пыли. Также в 54% образцов были детектированы аллели, не принадлежащие постоянным обитателям.
В домашней пыли содержатся клетки человеческой кожи, бактерии, остатки еды, фрагменты насекомых, пыльца, волосы, волокна тканей и так далее. Пыль оседает на неиспользуемых поверхностях и постоянно накапливается.
Идея ее использования в криминалистических целях не нова. Особенно важно то, что преступники обычно игнорируют пыль при уничтожении улик на месте преступления.
Но вопрос использования ДНК из пыли остается открытым.
Ранее уже было показано, что ДНК действительно присутствует в пыли в достаточном количестве для определения частичных STR-профилей. ДНК может также концентрироваться в других организмах, живущих в пыли (например, в пылевых клещах).
В любом случае это будет смесь ДНК разных людей, что добавляет сложности анализу.
Преодолеть трудности, связанные с низкими качеством и количеством ДНК, можно с помощью высокопроизводительного секвенирования (MPS).
Альтернативой STR являются однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), которые могут дать информацию об идентичности, происхождении и фенотипе человека. Определение SNP демонстрирует лучшие результаты при сильной деградации ДНК.
В новой работе исследователи из Университета штата Северная Каролина и коллабораторы использовали панели Precision ID Identity и Ancestry от Thermo Fisher Scientific, а также программу FastID для идентификации людей по ДНК, обнаруженной в домашней пыли.
В исследовании участвовали 13 домохозяйств Северной Каролины. У всех обитателей дома отбирали образцы буккального эпителия (n=29).
Образцы пыли (n=65) собирали с пяти мест: с верха холодильника, внутри шкафа в спальне, с дверного косяка, с фоторамки или книжного шкафа в гостиной, а также с подоконника в гостиной. Люди жили в этих домах разное время, от шести месяцев до более десяти лет. Число жителей и их происхождение также различались.
ДНК удалось извлечь из всех собранных образцов. Меньше всего ДНК было в пыли на косяке входной двери.
Интересно, что количество и качество ДНК в пыли были достаточными для определения STR-профиля, но авторы продолжили работать с SNP.
В 53 из 65 образцов пыли было достаточно ДНК для работы программы FastID. В результате 93% обитателей домов были идентифицированы при анализе по крайней мере одного образца пыли из соответствующего дома. Только число обитателей влияло на идентификацию.
Другие факторы, такие как присутствие питомцев, время проживания в доме, уборка и проветривание, влияния не оказывали.
Также в 54% образцов были детектированы аллели, не принадлежащие обитателям домов. Чаще всего такая ДНК встречалась в образцах, собранных с фоторамок и книжных шкафов в гостиной.
Исследование подтвердило, что человеческая ДНК присутствует в пыли в достаточном количестве и качестве, чтобы генотипировать SNP с помощью MPS.
Больше ДНК было в образцах с мест, которые редко протирают (верх холодильника) и которые не подвергаются воздействию воздуха снаружи (фоторамки и книжные шкафы в гостиной). Косяки входной двери не очень хорошо подходят для сбора образцов.
По мнению авторов, анализ можно использовать для демонстрации того, что человек часто находился в каком-то доме.
Пока неизвестно, сколько времени требуется, чтобы ДНК человека начала определяться в пыли. Это вопрос для дальнейших исследований.
Автор: olegchagin // livejournal.com
Заглавное фото из открытых источников
