Как отмечает С.В. Куликов: "На долю Николая II выпало завершить, как и в случае с аграрной реформой, судебную реформу Александра II".
Действительно Судебная реформа была наиболее либеральной из всех великих реформ Александра II. Однако её реализация растянулась на 35 лет, в течение которых судебные уставы были приспособлены к существующему государственно-политическому строю Российской империи. Сибирь являлась одним из последних регионов, на которые было распространено действие судебных уставов 1864 г. В декабре 1895 г. на Всеподданнейшем докладе министра юстиции Н.В. Муравьева Николай II написал: «Дай Бог, чтобы Сибирь через два года получила столь необходимое ей правосудие, наравне с остальной Россией».
К середине 1899 г. желание Царя было исполнено: Судебные уставы были введены в Архангельской и Вологодской губерниях, в Степной и Закаспийской областях, в Сибири и Туркестане. Таким образом, к началу XX в. они стали действовать уже на всей территории Империи. 1 июля 1899 г. в рескрипте на имя Н.В. Муравьёва Государь указывал: «По вступлении Моем на престол, Я обратил особое внимание на необходимость распространения области применения Судебных уставов Императора Александра II, дабы во всех, даже самых отдаленных местностях России действовало скорое, беспристрастное и близкое к народу правосудие. Сегодня на пространстве России нет уже более местности, которая бы не пользовалась благами присущих сим Уставам вечных начал правды, милости и равенства всех перед законом».
Николай II много содействовал постепенной гуманизации пенитенциарной системы, передав в 1895 г. Главное тюремное управление из МВД в ведение Министерства юстиции. Император особо благодарил начальника Главного тюремного управления А.П. Саломона «за гуманное отношение» к арестованным студентам, участвовавшим в студенческих беспорядках в Петербурге1330. 10 июня 1900 г. Царь отменил ссылку в Сибирь, 6 декабря 1901 г. - телесные наказания для ссыльных.
22 марта 1903 г. Государь утвердил новое Уголовное уложение, которое отличалось научностью, лаконичностью, и являлось одним из самых передовых в мире. В разработке уложения принял непосредственное участие выдающийся русский учёный-правовед профессор Н.С. Таганцев.
В Уложении давалось определение преступного деяния, классификация степеней тяжести преступления, впервые в российском законодательстве было введено понятие о возрастной невменяемости, необходимой обороны, «негодного покушения». Смертная казнь не могла быть применена к лицам, не достигшим 21 года или достигшим 70 лет. Также законодатель вводил запрет на занятие государственной должности для лиц, осужденных к каторге, ссылке или заключению в исправительном доме. Несовершеннолетние осужденные, от 14 до 17 лет, содержались в общих тюрьмах, но отдельно от взрослых. Вводилось уголовное наказание не только женщине за совершение аборта, но и врачу, произведшему его. Особо выделялись преступления в отношении Веры и Церкви (богохульство, святотатство, пребывание в опасных еретических сектах и т.д.).
Исполнение Уголовного уложения вводилось в действие постепенно, и было прервано на год на время революции 1905-1907 гг. В именном Высочайшем указе от 22 марта 1903 г. говорилось: «Мы прибываем в твердой уверенности, что закон этот, разграничивая область воспрещенного и дозволенного и противодействуя преступным посягательствам, послужит к вящей охране гражданского порядка и к укреплению в народе чувства законности, которое должно быть постоянным руководителем каждого как в кругу личной его деятельности, так и в совокупном составе сословий и обществ».
