При проведении ветки газопровода от российских берегов к Германии через Балтику компания «Газпром» может разрушить три природные заповедные территории. В зоне риска, согласно предварительному плану проекта, окажутся Кавказский биосферный заповедник, парковый участок «Зона покоя Укок» и Кургальский заказник. Каким образом минимизируется возможный вред экологически важным для России местам - пока неизвестно.
Алексей Миллер, глава компании «Газпром» заявил, что имеется предварительная договоренность с руководителями компании « E.ON SE», « Shell» и «OMV AG» о строительстве газового провода через Ленинградскую область. Строительство затронет территорию Кингисеппского района. Активисты общественной правозащитной организации «Гринпис в России» считают, что Миллер намеренно умолчал, что газопровод будет пролегать через Кургальский заказник. Для строительства предполагалось несколько вариантов маршрута, но был выбран именно последний. По данному проекту может произойти «разрезание» заповедной зоны, что фактически недопустимо, поскольку заказник охраняется международными Конвенциями, предусматривающими защиту Балтики, а также водно-болотных угодий, которые имеют международное значение. Активисты уверены, что строительство газопровода в итоге приведет к нарушению международных соглашений, поскольку в жертву будет принесена особо охраняемая на международном уровне заповедная территория.
«Гринписовцы» также отмечают, что Газпром и ранее нарушал международные договоренности. В частности, речь идет о планах добычи нефти на Чукотке. Нефтедобыча напрямую угрожает и берегам Аляски и заповедной территории «Остров Врангеля», которая является охраняемым объектом ЮНЕСКО. Другой «разрушительный» проект — возможное изъятие Газпромом участков Кавказского заповедника. Как сообщают представители «Экологической вахты по Северному Кавказу», пострадать может хребет Табунный. В зоне риска окажется и другая территория — ледник Псеашхо. Фонд ЮНЕСКО и комитет всемирного наследия общественной организации не один раз предъявлял к России претензии по поводу соблюдения международных обязательств. Одно из последних требований — изменить проект плана строительства газопровода: новый объект не должен затрагивать плато Укок.